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Die "Graduate School for Biological Sciences" bietet für alle Doktoranden ein strukturiertes Grundprogramm und für besonders begabte Studenten mit Bachelorabschluss ein englischsprachiges Fast Track Master/Doctoral Programm. In verschiedenen Disziplinen der Biologie wird vermittelt wie biologische Prozesse mit molekularen Methoden analysiert werden. Schlüsselqualifikationen wie wissenschaftliches Präsentieren und Schreiben werden in speziellen Kursen vermittelt und in einem promotionsbegleitenden Mentoringprogramm vertieft. Der Kern des Mentoringprogramms sind die regelmäßigen Treffen der Thesis Komitees, in denen die Studierenden optimal betreut werden. Durch gemeinsame Veranstaltungen wie z.B. Doktoranden- Karriere- und Alumnitage, Firmenbesuche und selbst organisierte Konferenzen erfahren die Studierenden eine Gruppenidentität, die auch, nach der Promotion anhaltend, in ein Alumninetzwerk führt.

Die internationale Forschungsschule "From embryo to old age: the cell biology and genetics of health and disease", kurz IGSDHD, ist eine von 17 NRW Forschungsschulen. In ihr untersuchen die Forschungsgruppen die Grundlagen zellbiologischer und genetischer Mechanismen, deren Ausfall während verschiedener Phasen des Lebenszyklus zu Krankheit und pathologischen Entwicklungen führt. Mikrobielle, pflanzliche und tierische Modellorganismen und Systeme werden für diese Forschung genutzt. Die internationale Forschungsschule bietet seit Wintersemester 2009/10 ein Stipendienprogramm an, in dem jährlich ca. 10 herausragende Kandidaten und Kandidatinnen ein Stipendium erhalten. Die intensive Kooperation zwischen den Diziplinen, über Abteilungsgrenzen hinweg, sowie wissenschaftliches, methodologisches und soft skills Training, bieten optimale Promotionsbedingungen. Die Promovierenden haben individuelle Betreuungskomitees, die sie während der Promotion hilfreich begleiten und eine Promotion in kurzer Zeit ermöglichen.

Seit 2012 wird das Exzellenzcluster für Pflanzenwissenschaften CEPLAS gefördert. Wissenschaftler der Universität zu Köln, der Universität Düsseldorf sowie des Max Planck Instituts für Pflanzenzüchtungsforschung und des Forschungszentrums Jülich bilden in diesem Rahmen ein einzigartiges, interdisziplinäres Team. Ziel der experimentell und theoretisch arbeitenden Biologen ist es, effektive und nachhaltige Strategien des Pflanzenanbaus zu entwickeln. Voraussetzung dafür ist zunächst die Entschlüsselung grundlegender Mechanismen von vier komplexen Pflanzenmerkmalen: (A) Ein- und Mehrjährigkeit pflanzlichen Wachstums, (B) C4 Photosynthese, (C) genetische und (D) metabolische Mechanismen der Interaktion von Pflanzen und Mikroflora.
Die CEPLAS Graduiertenschule bietet ein 3-jähriges, umfassendes Doktorandenprogramm in den Bereichen der molekularen Pflanzenwissenschaften, Pflanzengenetik und Quantitativen Biologie, welches gemeinsam von allen vier Institutionen organisiert wird. Promovierende werden von einem individuellen Betreuungskomitee begleitet und durch spezielle Kurse, die Schlüsselqualifikationen wie wissenschaftliches Schreiben und Präsentieren oder methodische Kompetenzen vermitteln, optimal gefördert.  Für die Teilnahme an internationalen Konferenzen oder Forschungsaufenthalten im Ausland stehen zusätzliche Gelder zur Verfügung.

Die qualifizierte Ausbildung junger Wissenschaftler zur Zukunftssicherung von Forschung, Wissenschaft und Innovation in Deutschland ist eines der zentralen Anliegen der Max-Planck-Gesellschaft. Die MPG initiierte daher 1999 die Einrichtung der sogenannten International Max Planck Research Schools (IMPRS) als neuen Weg zu engerer Kooperation mit den Partneruniversitäten bei der Ausbildung des wissenschaftlichen Nachwuchses in Deutschland. Der Forschungsschwerpunkt der IMPRS in Köln lautet "Komplexe Pflanzeneigenschaften verstehen mit der Hilfe von computerunterstützten und evolutionsorientierten Ansätzen".

Die Cologne Graduate School of Ageing Research bietet ein strukturiertes 3-jähriges Promotionsprogramm mit einem Vollstipendium an, das gemeinsam organisiert wird vom Exzellenzcluster „Cellular Stress Responses in Aging-Associated Diseases“ (CECAD) der Universität zu Köln, der International Max Planck Research School of AGE (IMPRS AGE), bestehend aus dem Max-Planck-Institut für Biologie des Alterns, dem Max-Planck-Institut für Stoffwechselforschung sowie dem Center of Advanced European Studies and Research (caesar). Über 40 Arbeitsgruppen mit international renommierten Wissenschaftler decken die unterschiedlichsten Forschungsgebiete ab,wie beispielweise molekulare Prozesse des Alterungsprozesses, Qualitätskontrollmechanismen von Proteinen, DNA-Schäden und Reparaturmechanismen, Mitochondrienregulierung, Immunoseneszenz und Entzündung, Regulation von Stammzellen und Reparatur von Gewebe, Architektur von Zellen und Zellorganellen, endokrine Stoffwechselkontrolle sowie Erforschung der damit verbundenen altersassozierten Erkrankungen wie z.B. Neurodegeneration, Krebs, Diabetes, Fettleibigkeit und Nierendysfunktion. Die engen Kooperationen zwischen unseren Arbeitsgruppen begünstigen die interdisziplinäre Zusammenarbeit und fördern die Entwicklung neuer Forschungsansätze. Neue „Core Facilities“ mit hochmodernen Technologien bieten eine hervorragende Infrastruktur für Lehre und Forschung. Das Promotionsprogramm beinhaltet Seminare und Vorlesungen zur Alternsforschung, Workshops im wissenschaftlichen Schreiben und Präsentationstechniken sowie einzigartige Möglichkeiten zur Karriereförderung. Die Cologne Graduate School of Ageing Research hat es sich zum Ziel gesetzt, die wissenschaftliche Unabhängigkeit der Doktoranden und Doktorandinnen zu fördern, indem diese in die hoch qualifizierte Forschung eng eingebunden werden, aktiv am Programm teilnehmen, kritisches Denken gefördert wird und ein reger Austausch mit anderen Wissenschaftlern gewährleistet wird.